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机构设置

党群部门

• 党委办公室、机关党委(合署)
• 纪检处（纪委办公室）
• 党委组织部
• 党委宣传部、新闻中心（合署）（云南中医药宣传教育中心、社科联办公室）
• 党委统战部
• 党委学工部、武装部（合署）
• 党委研工部
• 工会、女职工委员会（合署）
• 团委

行政部门

• 校长办公室
• 人事处、职改办（合署）
• 学生处
• 研究生处
• 教务处、教师发展中心（合署）
• 科技处（含科研实验中心）
• 国际合作交流处、港澳台办、国际教育学院（合署）
• 财务处
• 资产处
• 审计处
• 保卫处
• 离退休工作处
• 基建处
• 成果转化与社会服务办公室
• 就业创业指导中心、校友会办公室（合署）

教学机构

• 外语部
• 基础医学院
• 中药学院
• 护理学院
• 人文与管理学院
• 民族医药学院、民族医药博物馆（合署）
• 信息学院
• 马克思主义学院
• 体育部
• 继续教育学院、职业技术学院（合署）
• 第一临床医学院
• 第二临床医学院
• 国际合作交流处、港澳台办、国际教育学院（合署）

教辅机构

• 高等教育研究评估中心、规划发展办公室（合署）
• 图书馆
• 学报编辑部
• 网络信息中心
• 云南省中医药民族医药博物馆

保障机构

• 后勤服务集团
• 校医院

研究(学术)机构

• 云南省傣医药与彝医药重点实验室
• 云南中医药大学中医西学研究所